I Contain Multitudes

L'exemple que Yong file tout au long du livre, c'est l'intestin. Notre côlon héberge la plus grande concentration de bactéries du corps, et ces bactéries font un travail qu'aucune de nos cellules ne sait faire. Elles décomposent des fibres végétales que nos enzymes ignorent, produisent des vitamines, transforment nos aliments en molécules que le corps réutilise. Sans elles, une vache ne pourrait rien tirer de l'herbe et nous-mêmes tirerions bien moins de nos repas. La digestion, qu'on croit être une affaire d'organes, est en grande partie une affaire de bactéries.

Le rôle le plus surprenant est ailleurs. Yong montre que le microbiote façonne le système immunitaire dès la naissance. Des souris élevées stériles, sans aucun microbe, développent des systèmes immunitaires atrophiés, des intestins déformés, des comportements altérés. Leurs organes ne se construisent pas correctement, parce qu'il manque le dialogue permanent avec les bactéries qui, normalement, apprend au corps à distinguer ce qui est dangereux de ce qui ne l'est pas. Le corps ne se développe pas seul : il se développe en conversation avec ses locataires.

La tentation, une fois qu'on a compris tout ça, serait de basculer d'un excès à l'autre : après le microbe-ennemi, le microbe-ami, le probiotique bienfaiteur qu'il faudrait choyer. Yong refuse ce récit. Il insiste sur un mot : la relation entre un corps et ses microbes n'est pas une amitié, c'est une négociation permanente, parfois tendue, souvent instable. Les mêmes bactéries qui nous rendent service dans l'intestin peuvent devenir mortelles si elles franchissent la paroi et passent dans le sang. Le bénéfice dépend entièrement du contexte, de l'endroit, de l'équilibre.

Il raconte le cas d'Hawaï et d'un petit calmar bobtail qui héberge une bactérie luminescente. Le calmar offre le gîte et le couvert ; la bactérie, en échange, produit une lumière qui efface l'ombre de l'animal sous la lune et le rend invisible aux prédateurs. Chacun sélectionne l'autre avec une précision chimique remarquable. Ce n'est pas de la générosité : c'est un contrat où chaque partie surveille ce qu'elle donne et ce qu'elle reçoit. Yong multiplie ces exemples, du corail aux insectes, pour montrer que le vivant est cousu de tels arrangements.

Là où Yong pousse le plus loin, c'est sur ce que tout cela fait à notre idée de l'individu. La biologie classique nous a habitués à une image : un organisme est une unité close, définie par son propre génome, séparée du monde par sa peau. Le microbiote fait vaciller cette image. Si des billions de cellules étrangères participent à ma digestion, entraînent mon immunité, pèsent sur mon humeur, où finit exactement « moi » et où commence « le reste » ? La frontière que l'on croyait nette se révèle poreuse, mouvante, négociée en permanence.

Certains biologistes, dont Yong reprend les travaux, proposent le terme d'« holobionte » : l'organisme, ce ne serait pas l'hôte seul, mais l'hôte plus l'ensemble de ses microbes, considérés comme une entité écologique. On ne serait pas un individu portant des passagers, on serait un écosystème ambulant. L'idée reste débattue — elle bouscule des notions de sélection et d'hérédité bien installées — mais elle capture quelque chose de juste : nous ne sommes pas hermétiques. Nous échangeons des microbes avec ce qu'on touche, ce qu'on mange, les gens qu'on embrasse, les maisons qu'on habite.

De la goutte d'eau de Delft aux séquenceurs génétiques, Yong retrace le chemin d'une idée qui a mis trois siècles à être acceptée : les microbes ne sont pas des intrus dans nos corps, ils en font partie. Ils digèrent, protègent, éduquent, parfois trahissent — mais toujours ils participent. La peur du germe, si utile pour vaincre les grandes épidémies, nous avait laissés borgnes devant l'immense majorité de ces créatures avec lesquelles on cohabite depuis toujours. Voir enfin cette cohabitation, c'est comprendre qu'un corps sain n'est pas un corps stérile, mais un corps bien accompagné.