Les an­ti­bio­tiques, c’est la panique

Sur les centaines de milliers d’espèces de bactéries présentes dans le monde, un nombre relativement limité d’espèces est pathogène pour l’Homme. Parallèlement, le corps humain se compose d’environ 30 000 milliards de cellules, mais aussi d’une quantité au moins aussi importante de bactéries, essentielles au bon fonctionnement de l’organisme.

Ainsi, certaines bactéries sont nos amies, tandis que d’autres sont nos ennemies. Des bactéries, comme le bacille de Koch à l’origine de la tuberculose, sont pathogènes quelles que soient les conditions. D’autres bactéries, comme le staphylocoque doré, « vit sans problème dans les narines de près de 30 % de la population mondiale » (p. 47), ceux que les spécialistes appellent les porteurs sains. Pourtant, cette bactérie est réputée pour provoquer de graves infections dans certains contextes.

Dans ce livre, Étienne Ruppé raconte l’histoire de Lucie, une jeune femme qui revient de voyage avec une bactérie multirésistante en souvenir. Cette histoire d’infection, en apparence banale et qui pourrait arriver à chacun d’entre nous, interpelle sur notre vision moderne des antibiotiques et des infections.

La découverte des antibiotiques à la fin des années 1920, à partir de champignons, puis de bactéries, et l’essor de leur utilisation médicale ont laissé croire que les médecins pouvaient soigner toutes les infections, grâce à ces nouveaux médicaments.

L’histoire de Lucie en témoigne, les choses ne sont pas si simples. Des premiers cas de résistance sont rapidement découverts. Les chercheurs réagissent en modifiant chimiquement les antibiotiques : « On gomme leurs défauts et on améliore leurs qualités » (p. 32). Mais les bactéries possèdent de multiples stratégies pour contrer les antibiotiques : des mutations, des échanges de plasmides, des gènes de résistance, « des ciseaux pour découper les antibiotiques » (p. 72), des « gardes du corps » (p. 76) pour empêcher la fixation de l’antibiotique sur sa cible, « les reconduites à la frontière » (p. 77) pour empêcher l’entrée de l’antibiotique ou l’expulser hors de la bactérie, etc.

Dans les années 60, les chercheurs découvrent les premiers antibiotiques totalement synthétiques, les quinolones, qui « font naître l’espoir d’antibiotiques sans résistance » (p. 32). Il faudra plusieurs décennies pour qu’ils réalisent que les bactéries, grâce à leur grande histoire évolutive, sont très adaptables à leur environnement, même quand celui-ci change. Il faut alors parfois se tourner vers des antibiotiques plus anciens, comme la colistine (un antibiotique de la famille des polymyxines). Malgré sa toxicité rénale, il est devenu le dernier recours dans de nombreuses situations. C’est d’ailleurs la colistine qui sauve la vie de Lucie dans le livre.

Le développement de l’antibiorésistance ne concerne pas que l’Homme. Les animaux et les plantes sont devenus malgré eux de gros consommateurs d’antibiotiques dans le monde, et ainsi des vecteurs de résistance. Aujourd’hui, « la moitié du tonnage annuel d’antibiotiques est utilisée en agriculture » (p. 118). Les antibiotiques ne sont alors pas utilisés contre des infections, mais servent de facteurs de croissance, pour augmenter le rendement des exploitations. Cette utilisation a débuté dans les années 1950, à l’époque où « l’antibiorésistance n’est qu’un concept » (p. 42). Mais elle a largement contribué depuis à favoriser l’émergence des bactéries résistantes. En 2006, l’Union Européenne interdit les antibiotiques comme facteurs de croissance dans l’élevage, mais cette pratique reste autorisée aux USA, sous certaines conditions.

Face au constat sans appel de l’antibiorésistance, quelles sont aujourd’hui les solutions envisageables ?

Étienne Ruppé insiste dans le livre sur le nécessaire bon usage des antibiotiques. « La réduction de la consommation d’antibiotiques conduit mécaniquement à une baisse de la fréquence des bactéries multirésistantes » (p. 113). Pourtant, si la campagne nationale de 2002, Les antibiotiques, c’est pas automatique, avait permis de faire chuter la consommation d’antibiotiques, la campagne de 2010, Les antibiotiques, si on les utilise à tort ils seront moins forts, n’a pas connu le même succès.

En 2017, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a ainsi placé la France « dans le peloton de tête des pays les plus consommateurs d’antibiotiques » (p. 118). Des efforts d’information et de formation restent nécessaires pour accomplir des progrès dans ce domaine.

Parallèlement, les chercheurs n’ont pas renoncé à découvrir de nouveaux antibiotiques, plus efficaces. Mais ils travaillent également sur d’autres aspects, comme une meilleure organisation des soins à l’hôpital ou encore le développement des examens bactériologiques. Actuellement, les médecins prescrivent une antibiothérapie probabiliste (probablement efficace contre la bactérie supposée responsable de l’infection) avant même d’avoir reçu les résultats des prélèvements. « On démarre au lance-roquettes et on poursuit avec un six-coups » (p. 123). L’automatisation des laboratoires et le développement de nouvelles méthodes moléculaires pourraient permettre d’utiliser directement le bon antibiotique dès le départ.

Un thème revient en force tout au long du livre, le microbiote et son importance dans le contrôle des infections. En effet, le microbiote se compose en grande partie de bactéries, dont la présence est capitale pour notre organisme. « Le microbiote intestinal est notre principal réservoir de bactéries » (p. 55) et chaque individu possède un microbiote unique, qui évolue en permanence.

Dans le microbiote, se retrouvent simultanément des bactéries inoffensives et des bactéries potentiellement pathogènes. Tel un écosystème, sans antibiotique, ces bactéries se régulent mutuellement. Des bactéries peuvent ainsi produire des antibiotiques naturels pour nous protéger de bactéries pathogènes, ou encore stimuler les défenses immunitaires de l’appareil digestif.

Cette situation d’équilibre peut être mise à mal, lorsqu’un antibiotique est administré, par voie orale ou par une injection. Alors qu’elles ne sont pas la cible du médicament, les bactéries sensibles à l’antibiotique peuvent être tuées, et le microbiote fragilisé. « Dans le côlon, les antibiotiques vont tuer nos bactéries sensibles. Les résistantes quant à elles s’en frotteront les flagelles : adieu les bactéries intestinales qui les empêchaient de s’installer ! » (p. 60). Les antibiotiques doivent donc être réservés au traitement des infections bactériennes confirmées, pour préserver au maximum le microbiote et éviter la prolifération des bactéries résistantes.

Les bactéries ont découvert les antibiotiques bien avant nous et ont mis en place des moyens efficaces pour les contourner. La découverte des antibiotiques, l’une des plus grandes avancées médicales modernes, a laissé croire que les infections et les bactéries responsables pouvaient être mises sous contrôle.

Étienne Ruppé n’est pas le premier à alerter l’opinion sur la résistance bactérienne aux antibiotiques. L’apparition et la multiplication dans le monde de cas de bactéries multirésistantes inquiètent les spécialistes et interrogent sur l’avenir des antibiotiques, des médicaments pourtant récents et qui ont totalement révolutionné le traitement des infections.

Tous les spécialistes s’accordent sur les origines de ce phénomène : l’existence d’une résistance naturelle de certaines bactéries, la capacité des bactéries à se transmettre les gènes de résistance, mais aussi le mauvais usage des antibiotiques. L’urgence de la prise de conscience n’est pourtant pas perçue de la même manière par tous. De même, les solutions avancées pour lutter contre ce phénomène ne font pas encore l’unanimité.

Ouvrage recensé

– Les antibiotiques, c’est la panique ! Les solutions pour lutter contre la résistance des bactéries. Versailles, éditions Quæ, 2018.

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